Интеграция пока CTP и неправильно обрабатывает код не заключенный в класс.
Зачем ты

module Program
{
  Main() : void
  {
...
  }
}

удалил?
Например, этот код не приводит к сообщениям об ошибке от интеграции:

using System;
using System.Console;
using Nemerle.Utility;

module Program
{
  Main() : void
  {
    _ = WriteLine("Hello World!");

    mutable x = 1;
    mutable y = 2;

    _ = WriteLine($"x = $x, y = $y");

    _ = Read();
  }
}