1. Стиль WS_CHILD — это для окон, которые лежат внутри других окон. CFrameWnd создан для top-level окон, он с этим стилем работать не будет.
2. В m_pMainWnd лучше оставить "главное" окно. Зачем ты кладешь создаваемый фрейм в m_pMainWnd?
3. Стиль WS_CHILD тебе не нужен. Тебе нужно установить родителя pFrame->SetParent(m_pMainWnd); (где m_pMainWnd — это "главное" окно). А вообще, зачем это нужно? Заведи лучше отдельный массив для фреймов...