Здравствуйте, Qazwsx, Вы писали:

Q>Хочу сделать следующее: программа при запуске прячется в трей далее в зависимости от выбора пункта меню загружаем соответствующий диалог, сделали что надо, нажали OK и программа опять уходит в трей и там ждёт.

Q>Вопрос как создавать такие немодальные диалоговые окна?

Главное окно тут как раз и надо. Но оно будет невидимо, т.е. в InitInstance надо сделать m_pMainWnd->ShowWindow(SW_HIDE). Кстати, проект можно делать без поддержки документ-вид.
Дальше во фрейме надо организовать вывод иконки в трей и обработку нажатий мышки и команд меню.