Проверь совпадение ID-ов пункта меню и ID'а в твоем макросе ON_COMMAND(ID_FILE_SAVE_AS, OnFileSaveAs), если они идентичны, то попробуй еще сделать rebuild all. Если все продолжается, то ты, как минимум, можешь присвоить этой команде меню нестандартный ID, тогда MFC-шный код точно вызываться не будет.
Если тебе интересно откуда берется "непонятный диалог записи", то это — код MFC из недров DocTemplate. Считается, что в общем случае тебе вообще не нужно обрабатывать ID_FILE_OPEN, ID_FILE_SAVE etc, а только реализовать метод Serialize в документе. Стандартное поведение менюшек обеспечить MFC.
