Разница в том, что из потока нельзя напрямую доставать окна. Вы можете прямо обращаться из потока только к окну, которое его породило. А по другому, через главное род. окно, и желательно без пойнтеров (т.е. использовать HWND) и желательно PostMessage()
Жизненный опыт похож на выигрышную лотерею, купленную после тиража.