В документе существует собственный контейнер на основе трехмерного вектора int'ов. При любой попытке сериализовать документ и сам контейнер теряет правильную ссылку на контейнер,
те

void CProjectDoc::Serialize(CArchive& ar)
{
    CDocument::Serialize(ar);
        if (ar.IsStoring())
        {
        //все еще правильная ссылка
        ar<<IntVector.GetSizeX();
        //ссылка потеряна

При вызове сериализации самого контейнера ситуация аналогичная, при любой попытке записать в архив происходит потеря ссылки.
DECLARE_SERIAL/IMPLEMENT_SERIAL в контейнере указан