D>Сам граф не очень сложный, вроде такого:
D>http://www.aisee.com/gallery/graph13.htm
D>Проблема в очень большом количестве узлов.

На этом самом сайте http://www.aisee.com/ можно скачать бесплатный софт, способный визуализировать графы с миллионами узлов. У них есть и русскоязычный сайт по адресу http://www.absint.com/aisee/index_ru.htm