Здравствуйте, reversecode, Вы писали:

R>хочется мониторить его на винде
R>но вот проблема
R>репа содержит файлы aux.c aux.h которые не переваривает винда

Винда эти файлы умеет. И всегда умела. Это у авторов гита удивительно кривые руки. Возьмите какой-нибудь альтернативный клиент git. Но я сомневаюсь, что даже у штатного гита с этими файлами проблема.