И так, я решил, приняв во внимание советы, попробовать написать этот документ с начала. И вот как я это делал:
Я нарисовал Call Flow, и все ключевые моменты, в которых может произойти ответвления от базового сценария, обозначил A1, B1, C1 и т.д. После чего я нарисовал Alternative Flow, где указал точки в альтернативных ветках (B2, B3, C2 и т.д.), на сколько правильно решение сделать так?
И еще, у меня теперь появилась новая головная боль: структура текста.
Как это все свести в логически цельную структуру? Сделать что то вроде:
1. Basic call flow
2. Alternate and exception flow
3. A1 point
(1) Scheduled server sends request with SIP URI initiator and SIP URI participants, which are marked as "owner" and "participant", to Application Server (AS), for creating Conference.
(2) 204 confirmation regarding start of query processing is being sent.
4.B1 point
(3) Aplication Server sends query to creating cinference to media server, which contains Conference ID.
.
.
.
и т.д.?

2й пункт будет содержать дерево, состоящее только из точек, что обозначены в первом пункте, + точки для alternative и expetion веток.

Т.е. очевидно тут проблема в описании Call Flow, и всей логики. Хотя я подозреваю это можно превратить в красивую структуру. Но, к сожалению, не могу придумать как. Тем более что в точках из альтернативных веток, будет находиться новое call flow, но только для определенного участка.