KP>Грамотный рефакторинг, как раз характеризуется тем, что приложение обязанно работать в течении всего периода рефакторинга.
Никому оно ничего не обязано. И хороший или плохой рефакторинг определяется совершенно не этим. Просто надо взвесить все риски, и если заказчик действительно требует, чтоби все делалось по живой системе, надо или предупредить о том, что он берет на себя эти риски, либо закладывать соответствующую компенсацию.