Собственно наткнулся на статью, где автор выделяет следующие недостатки agile-подходов:
1. Необходима большая вовлечённость пользователя в процесс разработки
2. Требования меняются и развиваются (не подходит, как минимум, для "fixed price" проектов)
3. Требования создаются минимально достаточными (легче отрефакторить решение, чем спроектировать всё детально заранее)
4. Тестирование задейстовано в течение всего процесса разработки.
5. "Частые поставки" (Frequent delivery), которые могут быть достаточно накладными
6. Судя по откликам, agile-подходы напряжённы (intense) по отношению к разработчикам (100% реализация фич за итерацию и неукоснительность итераций "накладывет отпечаток")