T>Под контролем над устройством ты понимаешь то, что никто не хучит передачу данных?

Под контролем устройства я понимаю встроенный в экран софт, который может отправлять снимки экрана по требованию нужных агентств. Встроенный кейлоггер, как вариант.

T>Хорошо, если мы представим что телефон на опенсорсной Ubuntu Touch, мессенджер тоже опенсорный

Опенсорсный, это хорошо. Ты его сам собирал, или кто-то другой? А ты этому кому-то другому веришь, или не очень? Если бы говорим о security, то, разумеется, верить такому нельзя. Собирать нужно самому. И не откуда-то взятым компилятором (откуда ты знаешь, что он там тебе влинкует, какие еще "библиотеки телеметрии"), а чтоб проверенным.

T> Можем такую конфигурацию считать гарантировано безопасной? Если нет, какие тут уязвимости?

Контроллер дисплея, например. И вообще все то, что иногда называют собирательным понятием "BIOS", подразумевая под этим "софт, который работает вне ОС". Всякие там IME, в которых регулярно находят новые бэкдоры, и делают вид, что их закрывают.