Н>Есть файловые менеджеры или какие-то тулзы, которые скрывают эти тысячи файлов (соответствующих) в один, например в

Н>Sequence.Frame.##(0-999)##.png
Н>NewSequence.Frame.##(0-2599)##.png

тотал командер. выбираешь по регэкспу, потом инверт селекшен, например.