Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо.
Судя по всему это просто "информатика в биологии".
В НИИ каком-нибуть работать, чем уж там они занимаются — как получится
Может какие-нибуть рассчетные программки, может визуализационное что-нибуть, ДНК там рисовать и т.д.
M>сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом.
M>не то что, к ночи будет сказано, пхп программист.
Вообще-то, ПХП программист, который создал например сайт знакомств или, не знаю, сайт-барахолку "куплю-продам" для частных лиц, с посещаемостью хотя бы 10К уников в сутки — гораздо более общественно полезное и важное дело сделал, чем биоинформатик, который там нарисовал как молекулы крутятся, ну и директор освоил соответсвующий бюджет под это.
M>есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
В общем дело не в названиях, не в технологиях, а в достижениях... (если мы говорим об общественной значимости).
С точки зрения программирования, как такового, деятельность наша не сильно отличается от любой другой области. Обширно используется java, perl, ruby on rails, и т.д., со всеми позднейшими нововведениями и примочками. Хочется верить, что мы действительно занимаемся чем–то важным и полезным: это то, что мотивирует меня пока что оставаться в этой области (в финансах, например, платят больше). Хотя КПД, как и везде, низкий, здесь есть шанс придумать или решить что–нибудь, что повлияет на развитие науки и это действительно очень здорово.
Задачи тут самые разные, как уже заметили выше. Есть всякая визуализация (как правило не 3D), есть очень много data mining и статистики, включая statistical machine learning, технологии семантической организации данных (онтологии, triple store), и много работы с веб–приложениями. Вдобавок, огромная масса биоинформатических задач легко параллелизуема, так что раздолье распределенным вычислениям, этим мы активно занимаемся.
Биоинформатика – молодая область и очень быстро меняется. Это тоже интересно, все время новые задачи, новые люди, новые темы. И, если есть на то желание, легко можно заняться академической деятельностью (писать статьи и т.д.), но это не обязательно и не ожидается от программиста–биоинформатика.
Если есть еще вопросы: спрашивайте. Буду рад ответить. Сам занимаюсь биоинформатикой последние 10 лет (как минимум). Элитой себя не ощуаю, если элитарность была вопросом, но считаю, что работаю в одной из самых интересных и быстро развивающихся областей, где еще есть много неоткрытого и нерешенного, и это радует.
--M.
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
Здравствуйте, __kot2, Вы писали:
__>я — биоинформатик работал в НИИ. платят 3 рубля, так как реально область очень узкая и денег на это никто давать не хочет. если охота этим заниматься — я бы советовал поизучать GPGPU — ATI Stream (или как он там — brook, че-то еще) и Cuda. ну конечно никакого питона или явы — все на С++, так как используются большие обьемы памяти и сложные алгоритмы, считающие днями и неделями.
Хехе, мне нравятся люди, которые считают, что "большие обьемы памяти и сложные алгоритмы" — это повод для "никакого питона или явы" Пиятно, что есть ещё наивность, есть ещё искра.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
В моем универе довольно мощная исследовательская группа в биоинформатике и вычислительной биологии (правда не в России). Я в ней не состою, но мы с ними плотно работаем (как уже выше было сказано, в биоинформатике сейчас очень популярны семантические технологии, вот мы для них делаем вещи вроде OWL API, FaCT++, Protege и т. д.). Более подробно о проектах с нашей стороны (computer science) можно прочитать здесь.
Полностью согласен с ostolop — область обширная, интересная и бурно развивающаяся. В двух словах не описать. Рад что в России тоже ей интересуются.
O>>Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.
G>Вот это вот очень даже интересно, пришлите, плз. G>Как раз недавно подумалось, что было бы интересно совместить 2 своих ВО — биология + ИТ. G>Гуглить умею и программы разные тоже видела, но оч интересны рекомендации человека "в деле".
Если внимательно проштудировать и освоить материалы Bioconductor Workshops за последний год, можно смело записываться в биоинформатики в области genomics
Сейчас идут дискуссии об организации курса средней длины (ок. семестра, сжатого до 3–х недель) в России, в Санкт–Петербурге, скорее всего весной следующего года 2010. Если (когда) это станет реальностью, могу дать знать.
или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
Самое интересное там — поиск в БД белков и прочей нечисти. Этих самых белков очень много и БД эти очень большие. Я не знаю в каких случаях требуется такой поиск, кажется это как-то связано с исследованиями генома. Основная трудность состоит в том, что по-сути нужно опознать трехмерную структуру заданую с некоторыми отклонениями и имеющую несколько степеней свободы.
Кроме этой задачи сюда же относятся задачи визуализации органических соединений и много всяческой рутины вокруг форматов данных, datamining (не спрашивайте откуда он там). Вроде бы есть какое-то моделирование, но собственно молекулярное моделирование не привязано именно к биологии и потому есть объект исследования скорее физики и химии.
Некоторое представление можно поучить вот отсюда: Bioinformatics.
E>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв
вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
E>>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв M>вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.
Это вообще интересный философский вопрос, кто и как мозг засирает... С одной стороны математика сложна, но элегантна и красива, особенно эта часть теории групп. Биология же не только сложна, но очень случайна и запутанна, и на любой намек на элегантность в биологических системах находится масса противоречий, вторичных и третичных систем, шума и хаоса, что диву даешься.
Здравствуйте, ostolop, Вы писали:
O>Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
E>>>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв M>>вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.
O>Это вообще интересный философский вопрос, кто и как мозг засирает... С одной стороны математика сложна, но элегантна и красива, особенно эта часть теории групп. Биология же не только сложна, но очень случайна и запутанна, и на любой намек на элегантность в биологических системах находится масса противоречий, вторичных и третичных систем, шума и хаоса, что диву даешься.
Скажем так: математика сложна субъективно, а биоинформатика — объективно.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
Мне неизвестно много контор, как таковых занимающихся биоинформатикой в России. Есть аутсорсеры, которые разрабатывают некоторые вещи такого рода для заказчиков – фармацевтических компаний. Безусловно, активность в биоинформатике в России есть, как в НИИ так и в коммерческой области, но не так много и, порой, отставая от запада.
Касательно изучения – надо сначала понять какая у вас цель. Если вы хотите стать не просто программистом, а именно биоинформатиком, участвующим в научном процессе, пишущим статьи и т.д., читайте дальше, иначе – будьте профессиональным инженероми вы найдете себе место в биоинформатике, в роли девелопера.
Для более вовлеченной биоинформатической деятельности начинайте с школьных учебников по биологии. Очень важно иметь хорошую картину того, что происходит в клетке и организме, чтобы понимать основные задачи и разбираться в данных (что суть гены, экспрессия, последовательность, сигнальные пути, регуляция, трансляция, и т.д.) с которыми биоинформатику приходится иметь дело. Затем, учите статистику, начиная с самого базового уровня, статистическое тестирование, например. Биология + статистика, это уже очень серьезное начало. А дальше, какой–нибудь вводный текст по биоинформатике (к сожалению, такие тексты в основном на английском), но какие–то ресурсы есть в сети.
Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.
В целом если у кого есть вопросы по теме – пишите, буду рад ответить, если смогу.
O>Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.
Вот это вот очень даже интересно, пришлите, плз.
Как раз недавно подумалось, что было бы интересно совместить 2 своих ВО — биология + ИТ.
Гуглить умею и программы разные тоже видела, но оч интересны рекомендации человека "в деле".
Благодарю, буду изучать.
А за Bioconductor отдельное спасибо — удивительно, что до сих пор его не находила.
Обидно, что сидя дома об этом можно и не задумываться.. и даже и не искать свою страну в "Member states"
так, сначала бежим за попкорном а потом все быстренько улучшаем мне карму за то что я нашел видеолекции.кстати один из плюсов видеолекций — будет понятно как произносить все эти адские биологические названия на английском. поехали
кстати, у многих университетов выложены видео, аудио и конспекты многих лекций и целых курсов. например, MIT: http://ocw.mit.edu, а вообще, стоит посмотреть на iTunes U, там вообще все есть, и биология, и статистика, и биоинформатика даже.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>так, сначала бежим за попкорном а потом все быстренько улучшаем мне карму за то что я нашел видеолекции.кстати один из плюсов видеолекций — будет понятно как произносить все эти адские биологические названия на английском. поехали
M>Introductory Biology with Applications — Graham Walker — MIT M>http://academicearth.org/courses/introductory-biology-with-applications
M>Introduction to Biology with Research Focus — Eric Lander — MIT M>http://academicearth.org/speakers/eric-lander-1
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
я — биоинформатик работал в НИИ. платят 3 рубля, так как реально область очень узкая и денег на это никто давать не хочет. если охота этим заниматься — я бы советовал поизучать GPGPU — ATI Stream (или как он там — brook, че-то еще) и Cuda. ну конечно никакого питона или явы — все на С++, так как используются большие обьемы памяти и сложные алгоритмы, считающие днями и неделями.
__>работал в НИИ. платят 3 рубля, так как реально область очень узкая и денег на это никто давать не хочет.
какая отвратительная история. а что, как дела за границей? зарплаты по отрасли высокие?
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
__>>работал в НИИ. платят 3 рубля, так как реально область очень узкая и денег на это никто давать не хочет. M>какая отвратительная история. а что, как дела за границей? зарплаты по отрасли высокие?
Даже за границей, зарплаты не высокие. Если вы обычный системный или прикладной программист, а не пришли из научной среды, интерес к теме продадет очень быстро — меньше чем за год, ведь ничего особенного в БИ для вас, как для программиста не будет.