биоинформатик - это элитарно?
От: megaswin  
Дата: 21.06.09 17:26
Оценка: :)
или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
Re: биоинформатик - это элитарно?
От: Evgolas Россия http://DelaDarom.Ru
Дата: 22.06.09 01:00
Оценка: +1 -4 :))
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо.

Судя по всему это просто "информатика в биологии".
В НИИ каком-нибуть работать, чем уж там они занимаются — как получится
Может какие-нибуть рассчетные программки, может визуализационное что-нибуть, ДНК там рисовать и т.д.

M>сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом.


M>не то что, к ночи будет сказано, пхп программист.

Вообще-то, ПХП программист, который создал например сайт знакомств или, не знаю, сайт-барахолку "куплю-продам" для частных лиц, с посещаемостью хотя бы 10К уников в сутки — гораздо более общественно полезное и важное дело сделал, чем биоинформатик, который там нарисовал как молекулы крутятся, ну и директор освоил соответсвующий бюджет под это.

M>есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)

В общем дело не в названиях, не в технологиях, а в достижениях... (если мы говорим об общественной значимости).
-----------------------------
Сервис Услуга-за-Услугу
Городской рогейн для роллеров
Заметки шароварщика
-----------------------------
Re: биоинформатик - это элитарно?
От: Mazay Россия  
Дата: 22.06.09 01:56
Оценка:
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)


Самое интересное там — поиск в БД белков и прочей нечисти. Этих самых белков очень много и БД эти очень большие. Я не знаю в каких случаях требуется такой поиск, кажется это как-то связано с исследованиями генома. Основная трудность состоит в том, что по-сути нужно опознать трехмерную структуру заданую с некоторыми отклонениями и имеющую несколько степеней свободы.
Кроме этой задачи сюда же относятся задачи визуализации органических соединений и много всяческой рутины вокруг форматов данных, datamining (не спрашивайте откуда он там). Вроде бы есть какое-то моделирование, но собственно молекулярное моделирование не привязано именно к биологии и потому есть объект исследования скорее физики и химии.
Некоторое представление можно поучить вот отсюда: Bioinformatics.
Главное гармония ...
Re: биоинформатик - это элитарно?
От: sc Россия  
Дата: 22.06.09 02:55
Оценка: -1
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)


Ну это примерно уровень сиреневых/зеленых штанов.
Re: биоинформатик - это элитарно?
От: ostolop  
Дата: 22.06.09 06:07
Оценка: 14 (5) +1
С точки зрения программирования, как такового, деятельность наша не сильно отличается от любой другой области. Обширно используется java, perl, ruby on rails, и т.д., со всеми позднейшими нововведениями и примочками. Хочется верить, что мы действительно занимаемся чем–то важным и полезным: это то, что мотивирует меня пока что оставаться в этой области (в финансах, например, платят больше). Хотя КПД, как и везде, низкий, здесь есть шанс придумать или решить что–нибудь, что повлияет на развитие науки и это действительно очень здорово.

Задачи тут самые разные, как уже заметили выше. Есть всякая визуализация (как правило не 3D), есть очень много data mining и статистики, включая statistical machine learning, технологии семантической организации данных (онтологии, triple store), и много работы с веб–приложениями. Вдобавок, огромная масса биоинформатических задач легко параллелизуема, так что раздолье распределенным вычислениям, этим мы активно занимаемся.

Биоинформатика – молодая область и очень быстро меняется. Это тоже интересно, все время новые задачи, новые люди, новые темы. И, если есть на то желание, легко можно заняться академической деятельностью (писать статьи и т.д.), но это не обязательно и не ожидается от программиста–биоинформатика.

Если есть еще вопросы: спрашивайте. Буду рад ответить. Сам занимаюсь биоинформатикой последние 10 лет (как минимум). Элитой себя не ощуаю, если элитарность была вопросом, но считаю, что работаю в одной из самых интересных и быстро развивающихся областей, где еще есть много неоткрытого и нерешенного, и это радует.

--M.

M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
Re[2]: биоинформатик - это элитарно?
От: megaswin  
Дата: 22.06.09 07:26
Оценка: :)
класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
Re[3]: биоинформатик - это элитарно?
От: Evgolas Россия http://DelaDarom.Ru
Дата: 22.06.09 08:45
Оценка: :)
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.


Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв
-----------------------------
Сервис Услуга-за-Услугу
Городской рогейн для роллеров
Заметки шароварщика
-----------------------------
Re[4]: биоинформатик - это элитарно?
От: megaswin  
Дата: 22.06.09 09:11
Оценка:
E>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв
вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.
Re[5]: биоинформатик - это элитарно?
От: ostolop  
Дата: 22.06.09 11:04
Оценка:
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

E>>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв

M>вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.

Это вообще интересный философский вопрос, кто и как мозг засирает... С одной стороны математика сложна, но элегантна и красива, особенно эта часть теории групп. Биология же не только сложна, но очень случайна и запутанна, и на любой намек на элегантность в биологических системах находится масса противоречий, вторичных и третичных систем, шума и хаоса, что диву даешься.
Re[6]: биоинформатик - это элитарно?
От: Mazay Россия  
Дата: 22.06.09 11:07
Оценка:
Здравствуйте, ostolop, Вы писали:

O>Здравствуйте, megaswin, Вы писали:


E>>>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв

M>>вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.

O>Это вообще интересный философский вопрос, кто и как мозг засирает... С одной стороны математика сложна, но элегантна и красива, особенно эта часть теории групп. Биология же не только сложна, но очень случайна и запутанна, и на любой намек на элегантность в биологических системах находится масса противоречий, вторичных и третичных систем, шума и хаоса, что диву даешься.


Скажем так: математика сложна субъективно, а биоинформатика — объективно.
Главное гармония ...
Re[3]: биоинформатик - это элитарно?
От: ostolop  
Дата: 22.06.09 11:38
Оценка:
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.


Мне неизвестно много контор, как таковых занимающихся биоинформатикой в России. Есть аутсорсеры, которые разрабатывают некоторые вещи такого рода для заказчиков – фармацевтических компаний. Безусловно, активность в биоинформатике в России есть, как в НИИ так и в коммерческой области, но не так много и, порой, отставая от запада.

Касательно изучения – надо сначала понять какая у вас цель. Если вы хотите стать не просто программистом, а именно биоинформатиком, участвующим в научном процессе, пишущим статьи и т.д., читайте дальше, иначе – будьте профессиональным инженероми вы найдете себе место в биоинформатике, в роли девелопера.

Для более вовлеченной биоинформатической деятельности начинайте с школьных учебников по биологии. Очень важно иметь хорошую картину того, что происходит в клетке и организме, чтобы понимать основные задачи и разбираться в данных (что суть гены, экспрессия, последовательность, сигнальные пути, регуляция, трансляция, и т.д.) с которыми биоинформатику приходится иметь дело. Затем, учите статистику, начиная с самого базового уровня, статистическое тестирование, например. Биология + статистика, это уже очень серьезное начало. А дальше, какой–нибудь вводный текст по биоинформатике (к сожалению, такие тексты в основном на английском), но какие–то ресурсы есть в сети.

Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.

В целом если у кого есть вопросы по теме – пишите, буду рад ответить, если смогу.

––М.
Re[4]: биоинформатик - это элитарно?
От: godmother Украина  
Дата: 22.06.09 12:22
Оценка:
O>Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.

Вот это вот очень даже интересно, пришлите, плз.
Как раз недавно подумалось, что было бы интересно совместить 2 своих ВО — биология + ИТ.
Гуглить умею и программы разные тоже видела, но оч интересны рекомендации человека "в деле".
Re: биоинформатик - это элитарно?
От: kl Германия http://stardog.com
Дата: 22.06.09 12:51
Оценка: 14 (2)
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)


В моем универе довольно мощная исследовательская группа в биоинформатике и вычислительной биологии (правда не в России). Я в ней не состою, но мы с ними плотно работаем (как уже выше было сказано, в биоинформатике сейчас очень популярны семантические технологии, вот мы для них делаем вещи вроде OWL API, FaCT++, Protege и т. д.). Более подробно о проектах с нашей стороны (computer science) можно прочитать здесь.
Полностью согласен с ostolop — область обширная, интересная и бурно развивающаяся. В двух словах не описать. Рад что в России тоже ей интересуются.
no fate but what we make
Re: биоинформатик - это элитарно?
От: hokkaido  
Дата: 22.06.09 14:03
Оценка: +1 :))

Биоинформатик — это не "элитарно". Это — "эксклюзивно".
Почти как "нанотехнолог". Хотя и не так "гламурно".

(Простите, не смог удержаться)
Re[5]: биоинформатик - это элитарно?
От: ostolop  
Дата: 22.06.09 14:56
Оценка: 2 (1)
Здравствуйте, godmother, Вы писали:


O>>Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.


G>Вот это вот очень даже интересно, пришлите, плз.

G>Как раз недавно подумалось, что было бы интересно совместить 2 своих ВО — биология + ИТ.
G>Гуглить умею и программы разные тоже видела, но оч интересны рекомендации человека "в деле".

Наш институт (Еuropean Bioinformatics Institute) проводит много разных курсов. Смотрите на http://www.ebi.ac.uk/training, и ниже. Вот неплохой обозревательный курс: http://www.ebi.ac.uk/training/handson/course_091019_dip.html. Еще, EMBO курсы хорошие: http://www.embo.org/programmes/courses-workshops.html. Очень хорошие курсы, но с спецификой определенной среды для стат. анализа (R, www.r-project.org), и чуть более узким профилем – геномика/генотипирование, дают коллеги из Bioconductor'а, см. http://www.bioconductor.org/workshops, там выложены все материалы за последние семь с лишним лет и есть информация о будущих курсах. Примерно то же, но не настолько R-ориентировано, в нашем институте: http://www.ebi.ac.uk/microarray/General/Events/EMBO2009.

Если внимательно проштудировать и освоить материалы Bioconductor Workshops за последний год, можно смело записываться в биоинформатики в области genomics

Это все были короткие курсы (до 1–ой недели). Что касается более длинных, то, например, http://bioinfomsc.stats.ox.ac.uk/ это оксфордский 2–х годичный курс по биоинформатике. Есть похожее в Stanford'е, http://bmi.stanford.edu/certificates.htm.

Сейчас идут дискуссии об организации курса средней длины (ок. семестра, сжатого до 3–х недель) в России, в Санкт–Петербурге, скорее всего весной следующего года 2010. Если (когда) это станет реальностью, могу дать знать.
Re[6]: биоинформатик - это элитарно?
От: godmother Украина  
Дата: 22.06.09 15:39
Оценка:
Благодарю, буду изучать.
А за Bioconductor отдельное спасибо — удивительно, что до сих пор его не находила.
Обидно, что сидя дома об этом можно и не задумываться.. и даже и не искать свою страну в "Member states"
Re: биоинформатик - это элитарно?
От: megaswin  
Дата: 23.06.09 05:52
Оценка:
так, сначала бежим за попкорном а потом все быстренько улучшаем мне карму за то что я нашел видеолекции.кстати один из плюсов видеолекций — будет понятно как произносить все эти адские биологические названия на английском. поехали

Introductory Biology with Applications — Graham Walker — MIT
http://academicearth.org/courses/introductory-biology-with-applications

Introduction to Biology with Research Focus — Eric Lander — MIT
http://academicearth.org/speakers/eric-lander-1
Re[2]: биоинформатик - это элитарно?
От: ostolop  
Дата: 23.06.09 06:37
Оценка:
кстати, у многих университетов выложены видео, аудио и конспекты многих лекций и целых курсов. например, MIT: http://ocw.mit.edu, а вообще, стоит посмотреть на iTunes U, там вообще все есть, и биология, и статистика, и биоинформатика даже.

Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>так, сначала бежим за попкорном а потом все быстренько улучшаем мне карму за то что я нашел видеолекции.кстати один из плюсов видеолекций — будет понятно как произносить все эти адские биологические названия на английском. поехали


M>Introductory Biology with Applications — Graham Walker — MIT

M>http://academicearth.org/courses/introductory-biology-with-applications

M>Introduction to Biology with Research Focus — Eric Lander — MIT

M>http://academicearth.org/speakers/eric-lander-1
Re[3]: биоинформатик - это элитарно?
От: megaswin  
Дата: 23.06.09 07:46
Оценка:
угу. даже транскрипция видеолекции есть http://ocw.mit.edu/OcwWeb/Biology/7-012Fall-2004/VideoLectures/index.htm
круто
Re[3]: биоинформатик - это элитарно?
От: __kot2  
Дата: 23.06.09 08:45
Оценка:
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:

M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.

я — биоинформатик работал в НИИ. платят 3 рубля, так как реально область очень узкая и денег на это никто давать не хочет. если охота этим заниматься — я бы советовал поизучать GPGPU — ATI Stream (или как он там — brook, че-то еще) и Cuda. ну конечно никакого питона или явы — все на С++, так как используются большие обьемы памяти и сложные алгоритмы, считающие днями и неделями.
Подождите ...
Wait...
Пока на собственное сообщение не было ответов, его можно удалить.