или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо.
Судя по всему это просто "информатика в биологии".
В НИИ каком-нибуть работать, чем уж там они занимаются — как получится
Может какие-нибуть рассчетные программки, может визуализационное что-нибуть, ДНК там рисовать и т.д.
M>сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом.
M>не то что, к ночи будет сказано, пхп программист.
Вообще-то, ПХП программист, который создал например сайт знакомств или, не знаю, сайт-барахолку "куплю-продам" для частных лиц, с посещаемостью хотя бы 10К уников в сутки — гораздо более общественно полезное и важное дело сделал, чем биоинформатик, который там нарисовал как молекулы крутятся, ну и директор освоил соответсвующий бюджет под это.
M>есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
В общем дело не в названиях, не в технологиях, а в достижениях... (если мы говорим об общественной значимости).
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
Самое интересное там — поиск в БД белков и прочей нечисти. Этих самых белков очень много и БД эти очень большие. Я не знаю в каких случаях требуется такой поиск, кажется это как-то связано с исследованиями генома. Основная трудность состоит в том, что по-сути нужно опознать трехмерную структуру заданую с некоторыми отклонениями и имеющую несколько степеней свободы.
Кроме этой задачи сюда же относятся задачи визуализации органических соединений и много всяческой рутины вокруг форматов данных, datamining (не спрашивайте откуда он там). Вроде бы есть какое-то моделирование, но собственно молекулярное моделирование не привязано именно к биологии и потому есть объект исследования скорее физики и химии.
Некоторое представление можно поучить вот отсюда: Bioinformatics.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
С точки зрения программирования, как такового, деятельность наша не сильно отличается от любой другой области. Обширно используется java, perl, ruby on rails, и т.д., со всеми позднейшими нововведениями и примочками. Хочется верить, что мы действительно занимаемся чем–то важным и полезным: это то, что мотивирует меня пока что оставаться в этой области (в финансах, например, платят больше). Хотя КПД, как и везде, низкий, здесь есть шанс придумать или решить что–нибудь, что повлияет на развитие науки и это действительно очень здорово.
Задачи тут самые разные, как уже заметили выше. Есть всякая визуализация (как правило не 3D), есть очень много data mining и статистики, включая statistical machine learning, технологии семантической организации данных (онтологии, triple store), и много работы с веб–приложениями. Вдобавок, огромная масса биоинформатических задач легко параллелизуема, так что раздолье распределенным вычислениям, этим мы активно занимаемся.
Биоинформатика – молодая область и очень быстро меняется. Это тоже интересно, все время новые задачи, новые люди, новые темы. И, если есть на то желание, легко можно заняться академической деятельностью (писать статьи и т.д.), но это не обязательно и не ожидается от программиста–биоинформатика.
Если есть еще вопросы: спрашивайте. Буду рад ответить. Сам занимаюсь биоинформатикой последние 10 лет (как минимум). Элитой себя не ощуаю, если элитарность была вопросом, но считаю, что работаю в одной из самых интересных и быстро развивающихся областей, где еще есть много неоткрытого и нерешенного, и это радует.
--M.
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
E>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв
вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
E>>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв M>вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.
Это вообще интересный философский вопрос, кто и как мозг засирает... С одной стороны математика сложна, но элегантна и красива, особенно эта часть теории групп. Биология же не только сложна, но очень случайна и запутанна, и на любой намек на элегантность в биологических системах находится масса противоречий, вторичных и третичных систем, шума и хаоса, что диву даешься.
Здравствуйте, ostolop, Вы писали:
O>Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
E>>>Лизергиновую попробуйте выучить, меньше букв M>>вообще-то, после того как я узнал что гомоморфный образ группы изоморфен фактор группе по ядру гомоморфизма, мне казалось что мое отвердевшую душу уже не пронять более не чем, но биологам похоже удается засрать мозг и почище этого.
O>Это вообще интересный философский вопрос, кто и как мозг засирает... С одной стороны математика сложна, но элегантна и красива, особенно эта часть теории групп. Биология же не только сложна, но очень случайна и запутанна, и на любой намек на элегантность в биологических системах находится масса противоречий, вторичных и третичных систем, шума и хаоса, что диву даешься.
Скажем так: математика сложна субъективно, а биоинформатика — объективно.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
Мне неизвестно много контор, как таковых занимающихся биоинформатикой в России. Есть аутсорсеры, которые разрабатывают некоторые вещи такого рода для заказчиков – фармацевтических компаний. Безусловно, активность в биоинформатике в России есть, как в НИИ так и в коммерческой области, но не так много и, порой, отставая от запада.
Касательно изучения – надо сначала понять какая у вас цель. Если вы хотите стать не просто программистом, а именно биоинформатиком, участвующим в научном процессе, пишущим статьи и т.д., читайте дальше, иначе – будьте профессиональным инженероми вы найдете себе место в биоинформатике, в роли девелопера.
Для более вовлеченной биоинформатической деятельности начинайте с школьных учебников по биологии. Очень важно иметь хорошую картину того, что происходит в клетке и организме, чтобы понимать основные задачи и разбираться в данных (что суть гены, экспрессия, последовательность, сигнальные пути, регуляция, трансляция, и т.д.) с которыми биоинформатику приходится иметь дело. Затем, учите статистику, начиная с самого базового уровня, статистическое тестирование, например. Биология + статистика, это уже очень серьезное начало. А дальше, какой–нибудь вводный текст по биоинформатике (к сожалению, такие тексты в основном на английском), но какие–то ресурсы есть в сети.
Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.
В целом если у кого есть вопросы по теме – пишите, буду рад ответить, если смогу.
O>Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.
Вот это вот очень даже интересно, пришлите, плз.
Как раз недавно подумалось, что было бы интересно совместить 2 своих ВО — биология + ИТ.
Гуглить умею и программы разные тоже видела, но оч интересны рекомендации человека "в деле".
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>или как? не знаю чем они занимаются, но звучит как то гордо. сразу кажется что человек занимается общественно важным и полезным делом. не то что, к ночи будет сказано, пхп программист. есть тут у нас такие? я имею ввиду не пхп программистов а биоинформатиков. хвз(хочу все знать)
В моем универе довольно мощная исследовательская группа в биоинформатике и вычислительной биологии (правда не в России). Я в ней не состою, но мы с ними плотно работаем (как уже выше было сказано, в биоинформатике сейчас очень популярны семантические технологии, вот мы для них делаем вещи вроде OWL API, FaCT++, Protege и т. д.). Более подробно о проектах с нашей стороны (computer science) можно прочитать здесь.
Полностью согласен с ostolop — область обширная, интересная и бурно развивающаяся. В двух словах не описать. Рад что в России тоже ей интересуются.
O>>Ну а потом есть всякие курсы по биоинформатике, как дистанционные, так и в разных заведениях, как короткие – несколько дней, так и подлиннее, в семестер, или же на пару лет (с профессиональной степенью). Если интересно, могу прислать пару ссылок. Все это, в основном, на западе.
G>Вот это вот очень даже интересно, пришлите, плз. G>Как раз недавно подумалось, что было бы интересно совместить 2 своих ВО — биология + ИТ. G>Гуглить умею и программы разные тоже видела, но оч интересны рекомендации человека "в деле".
Если внимательно проштудировать и освоить материалы Bioconductor Workshops за последний год, можно смело записываться в биоинформатики в области genomics
Сейчас идут дискуссии об организации курса средней длины (ок. семестра, сжатого до 3–х недель) в России, в Санкт–Петербурге, скорее всего весной следующего года 2010. Если (когда) это станет реальностью, могу дать знать.
Благодарю, буду изучать.
А за Bioconductor отдельное спасибо — удивительно, что до сих пор его не находила.
Обидно, что сидя дома об этом можно и не задумываться.. и даже и не искать свою страну в "Member states"
так, сначала бежим за попкорном а потом все быстренько улучшаем мне карму за то что я нашел видеолекции.кстати один из плюсов видеолекций — будет понятно как произносить все эти адские биологические названия на английском. поехали
кстати, у многих университетов выложены видео, аудио и конспекты многих лекций и целых курсов. например, MIT: http://ocw.mit.edu, а вообще, стоит посмотреть на iTunes U, там вообще все есть, и биология, и статистика, и биоинформатика даже.
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>так, сначала бежим за попкорном а потом все быстренько улучшаем мне карму за то что я нашел видеолекции.кстати один из плюсов видеолекций — будет понятно как произносить все эти адские биологические названия на английском. поехали
M>Introductory Biology with Applications — Graham Walker — MIT M>http://academicearth.org/courses/introductory-biology-with-applications
M>Introduction to Biology with Research Focus — Eric Lander — MIT M>http://academicearth.org/speakers/eric-lander-1
Здравствуйте, megaswin, Вы писали:
M>класс. а есть в России конторы которые этим профессионально занимаются или в основном НИИ/учебные заведения всевозможные? с чего можно начать изучение? учебник химии за 5 класс? я уже второй день учу слово — Дезоксирибонуклеиновая, пока не выучил.
я — биоинформатик работал в НИИ. платят 3 рубля, так как реально область очень узкая и денег на это никто давать не хочет. если охота этим заниматься — я бы советовал поизучать GPGPU — ATI Stream (или как он там — brook, че-то еще) и Cuda. ну конечно никакого питона или явы — все на С++, так как используются большие обьемы памяти и сложные алгоритмы, считающие днями и неделями.