Здравствуйте, Fender, Вы писали:

Основной вопрос ты сам назвал:

F>но вопрос может перейти в такое русло: зачем он привнес в проект работодателя такой код без уведомления?

Ответ на него в духе

программист намерен несколько измененную версию своего кода включить в проект, тем самым решив некоторые задачи проекта, и в рабочее время заиметь массу свободного времени.

не прокатит, поскольку зарплату в отличие от договора подряда платят не за результат, а за выполнение трудовой функции.

Теперь по существу:

Интересует только вопрос о том, насколько достаточными отличиями должны обладать, например, два модуля, чтобы считать их независимыми.

При анализе программ на схожесть поступают точно так же, как при проверке литературных текстов на плагиат: собирают экспертную комиссию, которая выносит своё решение. Никаких других формальных (нормативных) критериев нет.