Как раз все наоборот. Трудовой договор как таковой вообще никак не распространяется на владение интеллектуальной собственностью. По умолчанию, все права принадлежат тому, кто создал интеллектуальную собственность, программисту в первую очередь. Если работодателю такая ситуация не нравится — он должен дополнительно оформлять договор о полной передаче всех прав себе. Если он это не сделал во время — то это его проблемы, и автор может либо пойти им на встречу, либо — нет.

Работодатель в данной ситуации может наверное только что уволить по какой-нибудь "некрасивой" статье ТК.