Все знают, что учёные прочитали геном человека. Также были прочитаны геномы разных животных и бактерий. Обычно это делается так: берется много клеток одного организма, из них извлекаются ДНК, с них считывается много-много маленьких фрагментов, потом из фрагментов собирается геном. Это довольно сложная задача, но её более-менее научились решать: сейчас борьба идёт за скорость, снижение стоимости и прочтение проблемных участков.
Однако, далеко не все бактерии размножаются в неволе. И как раз эти бактерии ещё мало изучены и могут дать, например, идеи для новых лекарств. К сожалению, для этих бактерий мы можем взять только одну клетку, поэтому стандартные технологии чтения ДНК не работают. Недавно появились методы, которые позволяют получить достаточное количество фрагментов для сборки, но существующий софт не готов к таким данным.
Наша команда делает ассемблер бактериальных геномов SPAdes, который должен стать лучшим в мире ассемблером для сборки геномов по одной клетке. Делать ассемблер номер два нет никакого смысла, потому что им просто никто не будет пользоваться. Сейчас мы ищем программиста на C++, который мог бы внести свой вклад в наше общее дело, существующий код можно посмотреть в tar.gz.
Наша лаборатория финансируется за счёт «мегагранта» и мы способны предложить достойную зарплату. Руководитель лаборатории — Павел Певзнер. Если вас заинтересовала эта вакансия, пишите на .
Здравствуйте, Яков Сироткин, Вы писали:
ЯС>Все знают, что учёные прочитали геном человека. Также были прочитаны геномы разных животных и бактерий. Обычно это делается так: берется много клеток одного организма, из них извлекаются ДНК, с них считывается много-много маленьких фрагментов, потом из фрагментов собирается геном. Это довольно сложная задача, но её более-менее научились решать: сейчас борьба идёт за скорость, снижение стоимости и прочтение проблемных участков.
Не понял, а в чем проблема воспользоваться полимеразной цепной реакцией?
Re: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
ЯС>Наша команда делает ассемблер бактериальных геномов SPAdes, который должен стать лучшим в мире ассемблером для сборки геномов по одной клетке. Делать ассемблер номер два нет никакого смысла
вот значит в какой rocket science уходят из яндекса
паранойя не болезнь, а критерий профпригодности
Re[2]: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, Denn, Вы писали:
D>Здравствуйте, Яков Сироткин, Вы писали:
ЯС>>Все знают, что учёные прочитали геном человека. Также были прочитаны геномы разных животных и бактерий. Обычно это делается так: берется много клеток одного организма, из них извлекаются ДНК, с них считывается много-много маленьких фрагментов, потом из фрагментов собирается геном. Это довольно сложная задача, но её более-менее научились решать: сейчас борьба идёт за скорость, снижение стоимости и прочтение проблемных участков.
D> Не понял, а в чем проблема воспользоваться полимеразной цепной реакцией?
в 1994 году заканчивал школу, классная руководительница-биологичка занималась генетикой, я спрашивал, нужны ли программисты — были не нужны.
в 2000 закончил вуз, спрашивал её же, нужны? нет
и вот теперь, через 12 лет, оказывается, что нужны.
только я теперь уже переквалифицировался на C# и мои знания по C++ неактуальны...
То же самое с другом физиком по спеканию металлов — говорит "что там считать, формулы простые, а софт готовый можно взять".
Re: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, Яков Сироткин, Вы писали:
ЯС>Все знают, что учёные прочитали геном человека. Также были прочитаны геномы разных животных и бактерий. Обычно это делается так: берется много клеток одного организма, из них извлекаются ДНК, с них считывается много-много маленьких фрагментов, потом из фрагментов собирается геном. Это довольно сложная задача, но её более-менее научились решать: сейчас борьба идёт за скорость, снижение стоимости и прочтение проблемных участков.
ЯС>Однако, далеко не все бактерии размножаются в неволе. И как раз эти бактерии ещё мало изучены и могут дать, например, идеи для новых лекарств. К сожалению, для этих бактерий мы можем взять только одну клетку, поэтому стандартные технологии чтения ДНК не работают. Недавно появились методы, которые позволяют получить достаточное количество фрагментов для сборки, но существующий софт не готов к таким данным.
ЯС>Наша команда делает ассемблер бактериальных геномов SPAdes, который должен стать лучшим в мире ассемблером для сборки геномов по одной клетке. Делать ассемблер номер два нет никакого смысла, потому что им просто никто не будет пользоваться. Сейчас мы ищем программиста на C++, который мог бы внести свой вклад в наше общее дело, существующий код можно посмотреть в tar.gz.
ЯС>Наша лаборатория финансируется за счёт «мегагранта» и мы способны предложить достойную зарплату. Руководитель лаборатории — Павел Певзнер. Если вас заинтересовала эта вакансия, пишите на .
Очень интересно. А какие требования к кандидату, возможна ли удаленка на полный/неполный день? Резюме можете посмотреть здесь
С уважением, Дмитрий
Re[2]: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, zdv, Вы писали:
zdv>Очень интересно. А какие требования к кандидату, возможна ли удаленка на полный/неполный день? Резюме можете посмотреть здесь
Нет, удалёнку и частичную занятость мы не рассматриваем.
Здравствуйте, Яков Сироткин, Вы писали:
ЯС>Нет, удалёнку и частичную занятость мы не рассматриваем.
Очень жаль. Тема интересная, но переезд из Барнаула в Питер...
С уважением, Дмитрий
Re[3]: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, Arsen.Shnurkov, Вы писали:
C>>если вам скорость надо увеличить — прогоните под vtune или кто там сча крутой
AS>они не тупые, наверняка они сначала хотят увеличить скорость алгоритмически
тут никогда не угадаешь
Re: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
ЯС>Наша лаборатория финансируется за счёт «мегагранта» и мы способны предложить достойную зарплату. Руководитель лаборатории — Павел Певзнер. Если вас заинтересовала эта вакансия, пишите на .
Знакомый товарищ. Однажды он разбил голову о низкий козырек подъезда и моя супруга спасала ему жизнь обрабатывая рану йодом. Впрочем, благодарность Певзнеру не свойственна
Re: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, Яков Сироткин, Вы писали:
ЯС> существующий код можно посмотреть в tar.gz.
JFYI:
dmi3s@asus:~/work/spades-2.1.0/src$ cmake -G "Unix Makefiles"
-- The C compiler identification is GNU
-- The CXX compiler identification is GNU
-- Check for working C compiler: /usr/bin/gcc
-- Check for working C compiler: /usr/bin/gcc -- works
-- Detecting C compiler ABI info
-- Detecting C compiler ABI info - done
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++
-- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++ -- works
-- Detecting CXX compiler ABI info
-- Detecting CXX compiler ABI info - done
-- Try OpenMP C flag = [-fopenmp]
-- Performing Test OpenMP_FLAG_DETECTED
-- Performing Test OpenMP_FLAG_DETECTED - Success
-- Try OpenMP CXX flag = [-fopenmp]
-- Performing Test OpenMP_FLAG_DETECTED
-- Performing Test OpenMP_FLAG_DETECTED - Success
-- Found OpenMP: -fopenmp
Making Release Configuration...
-- Found ZLIB: /usr/lib/i386-linux-gnu/libz.so (found version "1.2.3.4")
-- Boost version: 1.48.0
-- Found the following Boost libraries:
-- system
-- filesystem
-- iostreams
-- serialization
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /home/dmi3s/work/spades-2.1.0/src
dmi3s@asus:~/work/spades-2.1.0/src$ make
Scanning dependencies of target input
[ 5%] Building CXX object io/CMakeFiles/input.dir/parser.cpp.o
Linking CXX static library libinput.a
[ 5%] Built target input
Scanning dependencies of target spades
[ 11%] Building CXX object debruijn/CMakeFiles/spades.dir/main.cpp.o
In file included from /home/dmi3s/work/spades-2.1.0/src/debruijn/main.cpp:10:0:
/home/dmi3s/work/spades-2.1.0/src/debruijn/standard.hpp:17:17: fatal error: k.hpp: No such file or directory
compilation terminated.
make[2]: *** [debruijn/CMakeFiles/spades.dir/main.cpp.o] Error 1
make[1]: *** [debruijn/CMakeFiles/spades.dir/all] Error 2
make: *** [all] Error 2
[2] dmi3s@asus:~/work/spades-2.1.0/src$ find . -iname k.hpp
Т.е. неплохо бы поправить CMakeLists.txt на предмет проверки зависимости. ИМХО, конечно же.
Re[2]: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, Яков Сироткин, Вы писали:
ЯС>Дмитрий, у нас действительно есть проблемы с компиляцией, но, честно говоря, не прочитав manual.html шансы запустить SPAdes практически равны нулю.
Да я не для запуска собирал. Хотел оценить проект по количеству warnings при сборке.
PS. Может, кому интересно будет: вывод cloc.
dmi3s@asus:~/work/spades-2.1.0$ cloc .
defined(%hash) is deprecated at /usr/bin/cloc line 1277.
(Maybe you should just omit the defined()?)
3279 text files.
3060 unique files.
447 files ignored.
http://cloc.sourceforge.net v 1.53 T=26.0 s (103.5 files/s, 26367.4 lines/s)
--------------------------------------------------------------------------------
Language files blank comment code
--------------------------------------------------------------------------------
C++ 908 39234 39016 201083
C/C++ Header 965 37451 52140 151591
Perl 360 8567 5647 39200
C 159 4397 7031 29196
Bourne Shell 41 3787 4340 24445
HTML 38 679 326 11187
m4 10 966 100 8393
Python 92 1913 931 6884
make 40 803 442 2111
Java 5 173 73 1166
MATLAB 39 188 226 1084
C Shell 24 57 46 331
CSS 2 28 17 125
PHP 1 4 3 70
Bourne Again Shell 5 12 16 47
awk 2 2 7 17
D 1 0 0 1
--------------------------------------------------------------------------------
SUM: 2692 98261 110361 476931
--------------------------------------------------------------------------------
Re[4]: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
On 06/09/2012 12:41 PM, Dmi3S wrote:
> > Да я не для запуска собирал. Хотел оценить проект по количеству warnings при сборке.
Интересно, о чём может говорить кол-во варнингов при сборке...
при чём не КАЧЕСТВО, а именно КОЛИЧЕСТВО.
По-моему так ни о чём, кроме как озаботился ли автор кода задавливанием варнингов.
Posted via RSDN NNTP Server 2.1 beta
Re[5]: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, MasterZiv, Вы писали:
MZ>Интересно, о чём может говорить кол-во варнингов при сборке... MZ>при чём не КАЧЕСТВО, а именно КОЛИЧЕСТВО. MZ>По-моему так ни о чём, кроме как озаботился ли автор кода задавливанием варнингов.
Чем больше, тем меньше вероятность заметить какой-то новый. Если же их over 9000, то это значит, что на предупреждения просто на...плевали. Я всегда пытался свести кол-во предупреждений к 0, а затем выставлять что-то вроде "threat warnings as errors": пусть каждый за свое предупреждение расписывается #pragma. Т.е. 0 предупреждений в относительно большом проекте, для меня, является показателем некоторой дисциплины кодирования.
Ну и, как контрпример, предлагаю оценить трудоемкости оценки _качества_ (sorry, не знаю как лучше сказать) 742 предупреждений. Это 1) много времени 2) мало удовольствия.
Вот как-то так.
Re[4]: Программист С++ для сборки редких бактерий (СПб, 80-120 т.р.)
Здравствуйте, Dmi3S, Вы писали:
DS>Да я не для запуска собирал. Хотел оценить проект по количеству warnings при сборке.
DS>PS. Может, кому интересно будет: вывод cloc.
В чем вообще смысл замерять статистику по всем файлам, если большинство кода скорее всего будет из внешних проектов? Если уж вам интересны эти параметры, стоит смотреть только по папке src, и даже в ней есть чужой код наподобие хэш таблиц от гугла.
