> dll-ки лежат по указанным путям. Все нормально. Но ничего не работает. Может все дело в явском обеспечении безопасности и переносимости? Может из-под вэб-приложения вообще нельзя dll-ки поднимать?

Need more details. www.caucho.com -> Search -> loadLibrary

если бы из-за безопасности, то был бы SecurityException...

Другие поднимают. Что пытаешься решить с помощью JNI?