Здравствуйте, dshe, Вы писали:

D>Это Java приложение деплоится через Java Web Start. Для этого обе нативные либы, упаковываются в native.jar, этот .jar подписывается и прописывается ссылка на него в .jnlp файл приложения.

D>Вопрос заключается в следующем: как сделать так, что бы native.dll находилась и загружалась, и могла быть использована?

В jnlp файл native.jar добавлять следующим образом:

<jnlp ...>
[...]
    <resources os="Windows">
        <nativelib href="path/to/native.jar" download="eager" />
    </resources>
[...]
</jnlp>

пример layout'а для native.jar:

>jar -tf libs.jar
META-INF/
META-INF/MANIFEST.MF
swt-awt-win32-3043.dll
swt-win32-3043.dll