Основная цель — чтобы не было проблем при деплое новой версии (т.е. конфиг должен сохраниться). Конфиг в общем случае это соединение с БД; некие пары ключ=значение и файлы. Плюс: при локальной разработке это тоже должно настраиваться достаточно удобно.

Пробовал хранить в conf/Catalina/localhost/app.xml (при локальной разработке в src/main/webapp/META-INF/context.xml) но проблема в том, что если через консоль manager удалить приложение (чтобы задеплоить новую версию), то этот файл при удалении приложения тоже удаляется. Понятно, что "тупо" хранить в webapps/app/WEB-INF/classes/config.properties так себе вариант, т.к. усложняется деплой, вместо того, чтобы закинуть одну варку, надо уже лепить скрипты. Делал отдельный tomcat-base и настраивал хитрым образом classpath так, что conf/app был в classpath запущенного приложения, в принципе этот вариант мне больше всех понравился (для локальной разработки конфиги в src/main/resources), но слишком сложная процедура, хочется с минимумом усилий деплоить на только что распакованный томкат.