Здравствуйте, rom30, Вы писали:

R>Если сделать REST app c контроллером и упаковать его в WAR файл и
R>потом положить этот WAR файл в WEBAPPS папку Томката на Linux-e.
Непонятно зачем вам war и отдельный томкат если у вас spring boot. Но дело ваше а доку можно посмотреть тут https://docs.spring.io/spring-boot/docs/current/reference/html/boot-features-external-config.html
Искать по spring.config.location.
Можно так же профилей понаделать для разных энвайроментов. См spring.profiles.active
Можно вообще spring cloud config прикрутить, несмотря на наличие слова клауд он и в локалке работает.
Или вообще свой загрузчик конфигов написать, это тоже просто.