Здравствуйте, spazieren , Вы писали:

S>Через putty,
S>создается подключение к серверу,
S>потом нужно залогиниться под своим логином/паролем,
S>потом через команду sudo rootsh -i -u user_name, заходим под пользователем, у которого есть права на запуск этих скриптов.
S>Потом чешем в папку, где они лежат и оттуда запускаем.

В составе putty есть plink.exe, который собственно и занимается удалённым выполнением команд. Смотрели его возможности?