Здравствуйте, Илья К., Вы писали:

ИК>Есть одна нить ждущая консольный ввод, другая пытается ее завершить и не может.

ИК>Вопрос:
ИК> существует ли способ заставить завершиться вызов in.readLine() из другой нити ?

Попробуй Thread.interrupt(). BufferedReader.readLine() должен тогда будет бросить java.io.InterruptedIOException