Здравствуйте, Andrejandrej, Вы писали:

A>Как делать разные сборки под разные ОС? И как включать в них JVM?
Используются такие инструменты как Ant и Maven. Приложение это, ведь не только, jar архив. Это ещё куча сторонних библиотек, конфиги, и, для desktop приложение, возможно, JRE. Можно просто JRE в инстраллер включать, как вариант. Всё зависит от приложения.