Здравствуйте, ktrtech, Вы писали:

K>Собственно вопрос, как "правильно" все это принято в яве организовывать, что считается Best Practice?

совершенно не обязательно пихать xml внутрь jar, достаточно создать в каталоге с программой подкаталог resources (config, как угодно) и включить его в класспуть
спринг позволяет комбинировать xml и properties-файлы (свойства из вторых особым синтаксисом встраиваются в первые)
размер и кол-во файлов настроек должен подсказать здравый смысл, понятно, что для 2х настроек достаточно одного файла, а для набора из 200, наверное, потребуется тематическое разделение