В общем получилось сделать следующее:
1. Сделал Singelton EJB, пометил его как Startup и метод пометил как PosrConstruct. В этом методе запустил прослушку порта на Mina.
2. Сделал EJB с тестовой бизнес-логикой.
3. В обработчике Mina вызываю метод из EJB пункта 2. Вроде работает.
