B>Многие их вообще в VCS не хранят. Они там по-большому счету и не нужны.
да. у нас, например, люди работают на eclipse/intellij/netbeans-ах, в качестве проектной модели, хранящейся в vcs — maven.

B>Хотя, некоторые можно хранить там без проблем.
в vcs удобно хранить файлы с корпоративными настройками code style-ов под конкретные ide, ну и настройки проверяльщиков code style-ов.
так как без таких настроек код может "разъехаться" за счёт различных дефолтов в разных ide и автоматического форматирования при работе в ide.