Ц> частью самого веб-приложения и развёртываются вместе с ним.

А вынести загрузку найтивной библиотеки в сам контейнер не возможно?
Например в контейнере загружаешь найтивную обертку, и в ней (найтивно) реализуешь функционал загрузки\выгрузки библиотеки. А путь передаешь, где у тебя лежит библиотека в вебПриложении

PS: Наверняка ты уже рассматривал такой вариант, но на всякий случай...