Здравствуйте, Александр, Вы писали:

А>куда хотяб копать? Может, NetBeans настроить надо как-то по особенному?

Я бы для начала исколючил две возможных проблемы
1. разные username/password/dburl при запуске гуи и негуи.
2. блокирование javaw.exe файрволом.