Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>Профайлером конечно не смотрел, но логгирование показывает что замедление на разных вызовах пропорциональное, как будто тактовая частота процессора меньше в 3 раза.

Не может ли причиной быть частое переключение контекстов для процессоров. Попробуйте назначит Java только на один процессор или даже ядро.