Здравствуйте, phoenix78, Вы писали:

P>После создания объекта класса MyMessage и инициализации всех его полей он сохраняется используя hibernate'вский метод saveOrUpdate(MyMessage mess).

P>-------------------------------------------------------------------
P>Проблема заключается в том, что при сохранении объекта класса MyMessage с уже существующим @Id происходит обновление строк только в таблице "messages", а в таблицу "parsed_messages" строки добавляются.

Надо удалять непосредственно из коллекции и удалять сам зависимый объект. Используй поиск уже не раз обсуждали.