DZ>Конечно. Ты строишь dependency tree? Поэтому и надо собирать в определенном порядке?

Ну пока еще непонятно. Пока только думаю.
Но скорее всего будет dependency tree.
Но это не для сборки а для тестинга. Причем не только средствами junit-а.
Да и даже если каждый build.xml будет независимым, то все равно хотелось бы иметь стабильный порядок вызовов.