Здравствуйте, Дмитрий В, Вы писали:

ДВ>При сборке джарника, расчитывается некоторая контрольная сумма и записывается в специальный файл, который и помещается в джарник.
ДВ>Затем при работе приложения джарники регулярно проверяются на предмет контрольной суммы и соответствия тому, что находится в файле.
ДВ> — это у меня под боком приложение есть, там такой принцип работы.

Добавление файла не меняет контрольную сумму или он кладётся в другой jar-файл? Впрочем и такое ломается.