S>Протестировал для вставки: 10 000 записей в 4-е поля (int, double, String, Time)
S> Statement — 40 646 ms
S> Statement.addBatch — 14 439 ms
S> PreparedStatement — 34 660 ms
S> PreparedStatement.addBatch — 9 189 ms
S>addBatch c PreparedStatement предпочтительней

14 секунд — это как-то очень много и 9 — тоже для вставки 10000 записей batch'ем... ИМХО.
И на prepare INSERT'а ушло 5 секунд??? На чем вы это пускали?

Можно увидеть код?