Здравствуйте, Программер, Вы писали:

B>>Какие траблы? В общем случае это дело JVM и IDE, при чем здесь томкат?

П>Дело в том, что это веб приложение, а томкате 4.1 частично отрубленна поддержка отладки

На чем основано это заявление? Извиняюсь, но это полный бред.
Отлючить отладку можно на уровне JVM, ещё можно классы свои без отладочной информации компилировать.