как правило, в JB в каталоге проекта все исходники лежат в подкаталоге src. именно в нем и отображается полностью иерархия пакетов (не всех, естественно, а только тех, которые содержат классы/интерфейсы, разрабатываемые в данном проекте).
соответственно, при добавлении нового класса/интерфейса wizard кроме всего прочего спросит в какой пакет его поместить, после чего сам создаст все каталоги и правильно разместит в них файл
а если требуется добавить в проект ранее написанные файлы, то проще всего их скопировать в тот же подкаталог src
а если исходники совсем внешние, и не предполагается их изменять в данном проекте, а только использовать, то их лучше собрать в jar и добавить к проекту как библиотеку
