Здравствуйте, User_Ok.
Вы писали:

U_O> Новое и старое API — полагаю, лучше использовать новое, или есть нюансы?
U_O> Как работает получение обновленных тем? Ничего не могу понять в логике.
U_O> Есть какие-то требования, чтобы не дергать API слишком часто?

API лучше использовать новое.

Получение оборванных тем — элементарно.
Ищешь у себя в базе оборванные темы и передаёшь полученные id в http://www.rsdn.ru/ws/janusAT.asmx?op=GetTopicByMessage
Я, например, считаю тему оборванной, если есть сообщение темы, но нет начального сообщения.

И что значит, "чтобы не дёргать слишком часто"?