Подвигся я на инсталлятор, теперь вот думаю что с путями делать чтобы винда не возникала
— путь к самой программе
— путь к конфигурации
— путь к базе по умолчанию

Концепт инсталлятора следующий: Имеем три режима минимальный, полный и пользовательский.
Во всех режимах SQLite устанавливается как база по умолчанию. В минимальном больше никаких плагинов баз не ставится. В максимальном ставятся все, в пользовательском по выбору. Есще можно установить "плагины" для ИЕ и лисы. После установки всегда имеем базу SQLite переход в другие через диалог миграции в Янусе.
Инсталлятор на NSIS, мороки дофига со скриптом, но микрософт сильно ограниченный.