Послушайте, в этом правда нет ничего сложного.
Все программы находятся там же, в %ProgramFiles%, кроме случаев, когда вам требуется 32-битная версия, которая находится в %ProgramFiles(x86)%, за исключением ситуаций, когда дело касается 32-битной машины, и в этом случае они по-прежнему в %ProgramFiles%.
Все эти библиотеки, DLL, по-прежнему находятся в %SystemRoot%\System32, просто теперь они 64-битные. Ну а 32-битные, они вот, в %SystemRoot%\SysWOW64. Вы ещё следите за объяснением? Да, а 16-битные всё так же хранятся в %SystemRoot%\System – перемещать их в иное место было бы странным.
Данные реестра находятся в HKLM\Software, если только вы не имеете в виду данные для 32-битных программ, потому что в этом случае они в HKLM\Software\Wow6432Node.
А вообще правило очень простое: старайтесь всегда придерживаться 64-битных программ, и всё будет в шоколаде. Приложения же без 64-битных версий в любом случае малополезные, примером служат Office и Visual Studio [1]. Да, и всегда ставьте 32-битную версию Internet Explorer (она ставится по умолчанию), если вы хотите, чтобы что-нибудь из ваших дополнений работало. Ярлыки «по умолчанию» для всего прочего запускают 64-битные версии. Поскольку иметь по два ярлыка к каждой программе — не самый лучший выход, поэтому порой (cmd.exe) имеется только лишь один (64-битный), а второй вам нужно найти самостоятельно (всё там же, в SysWOW64, разумеется). Ну и конечно, не забудьте ‘Set-ExecutionPolicy RemoteSigned’ в обоих, 64- и 32-битной, версиях PowerShell.
Далее, всегда устанавливайте 64-битные версии драйверов и прочей фигни, кроме случаев, когда её нет (MSDORA, JET), или же вам требуются и 32-битная, и 64-битная версии (например, чтобы использовать MO / SqlCmd из 32-битного процесса, как MSBuild). Просто не следует делать этого, если 64-битный установщик уже установил 32-битную версию (как, например, Sql Native Client).
В общем, всё с ‘32’ в названии предназначено для 64 бит. Всё с ‘64’ — для 32 бит. Кроме, конечно, %ProgramW6432%, который является каталогом ProgramFiles для 64-битных программ в любом случае (ну, кроме как разве на 32-битной машине). Да, а .net-фреймворк фактически никуда не перемещался, просто у него рядом есть Framework64.
Ну то есть я вообще не понимаю, из-за чего люди так волнуются по поводу этого всего.
[1] Да, есть 64-битная версия Office 2010, но поскольку инсталлятор в целом не сообщает о ней, это неважно.
(C)
http://habrahabr.ru/blogs/humour/102179/#comment_3172092
http://piers7.blogspot.com/2010/07/64-bit-explained.html