S>приемник файл на флешке.
USB-шной? ))
Ваша fwrite она блокирующая функция?
Ждёт завершения вероятно?
А у USB есть frame. Пока он не пройдёт подтверждение не получите

А что такие буферы маленькие?
Вы наверно издеваетесь

Вообще странный тест
Если проблема со скоростью записи
Не надо читать
Пишите в неё рандомный буфер
Замеряйте время

Сделайте тесты для разных размеров
Только не идиотксие 512 байт
Ну хотя бы 0x10000, 0x100000 байт

Сравните с виндовым FileWrite

Попробуйте файл целиком загрузить в память
И целиком записать. Ну 100МБ, например