Меня это удивляет потому, что это противоречит моим представлениям о том, как работает современная флеш-память. А именно: информация кодируется с избыточностью и хранятся контрольные суммы в блоках. Это значит, что прочитать неверные данные невозможно. Можно просто не прочитать какие-то данные, если они действительно испортились.

Но это поведение может наблюдаться, если оперативная память работает с ошибками.

Я бы в первую очередь несколько дней погонял оперативную память, чтобы исключить этот вариант.

А также записал бы всё на диски заново, но на этот раз проверил бы записанное, отключив устройство, перезагрузив компьютер и подключив бы его заново.

У меня есть несколько MicroSD карт. В принципе мне не лень, поэтому проведу такой же эксперимент. Запишу на эти карты шум в виде файлов размером в сто мегабайтов, а контрольные суммы буду хранить отдельно. И проверю через несколько дней.