А>По стандарту USB порты в компах выдают не более 500 ma, а многие современные смартфоны и планшеты спроектированы на больший ток зарядки. Если постоянно заряжать их от компа то не скажется это как нибудь негативно? Не ухудшится ли время автономной работы или срок жизни батареи? Не лучше ли все время использовать зарядное устройство Ампера на 2?

Во-перых, 500 ма — это минимальный ток, который обязаны выдавать сертифицированные устройства с внешним питанием (т.е. "компьютеры").
Во-вторых, USB 3.0 стандарт описывает high-current порты по 900 ма (и они обычно именно такие).
Во-третьих, большинство современных материнских плат имеют high-current порты с током до 2.1 А.

Но, отвечая на ваши вопросы, низкий ток зарядки никак не скажется на автономности или сроке жизни. Только на времени зарядки.