R>[ ParseChildren(ChildrenAsProperties = false)]
R>public class MyPageTemplate : System.Web.UI.UserControl
R>{
R>.....

UserControl и ParseChildren(false) вещи несовместимые и совместить их скорее всего никак не получиться.
Для доказательства можно попробовать вложить в UserControl следующие элементы:
AAA
<%="AAA"%>
<%#"AAA"%>
и т.д.

В итоге получиться совсем не то, что ожидается.