Целью ядерных ударов было уничтожение военно-промышленной критической инфраструктуры:

в Хиросиме: центр армейских складов, военный порт и место расположения генерального штаба военно-морского флота и Второй армии
в Нагасаки: крупный морской порт, промышленный центр, в котором были сосредоточены сталелитейное производство и верфь Мицубиси, торпедное производство Мицубиси-Ураками. В городе изготавливались орудия, корабли и другая боевая техника.

Гибель мирных жителей — сопутствующий ущерб при уничтожении военных целей, в связи с этим бомбардировки не являются военным преступлением согласно тогда существовавшим нормам войны. Основная критика применения ядерного оружия — это не избирательность.