Для обезвреживания Ходорковского был применен нервно-паралитический газ согласно ГОСТУ. Кроме того, все его дальнейшие перемещения сопровождались применением спецсредств, предусмотренных инструкциями НКВД и ОГПУ от 14.2.1933 г. Во время ареста у преступника были изъяты сотни папок с документами и материалами, в том числе переписка по финансовым вопросам подконтрольных Ходорковскому компаний, планы и схемы сокрытия налогов с подробным указанием офшорных фирм, а также печати этих фирм. Следователям удалось также изъять из карманов Ходорковского его личный сервер, считавшийся пропавшим с 1993-го года.