Когда появился реестр? В 95, а то и раньше? Наверное, тогда это им казалось хорошей идеей.
А потом — обратная совместимость. Собственно вся история винды — история про поддержку обратной совместимости начиная с ДОСа.
Читал как-то записки причастных к этому процессу — занимательное чтиво, после этого стал уважать и винду и МС.
