Ну неплохо было бы код метода BubbleSort.Sort(a) посмотреть и убедиться что они таки идентичны.

По реализации C#: насколько помню, в классическом пузырьке нужно во внешнем цикле постоянно чекать что ни одного swap не произошло и тогда завершаться.

Ну т.е. у пузырька худший случай O(N^2), а если повезет, то выпадет O(N). Ваш же код гарантированно N^2 молотит.