Вобщем, контейнер — это наиболее универсальный способ распространения приложений, пусть и с определенным оверхедом, который все равно меньше, чем у образов виртуальных машин. Это снимает головную боль с разработчика, которому не надо заморачиваться, что там происходит на серверах. А админ не заморачивается с тем, какое окружение у разработчика. Это определенный компромис.
В Линуксе множество сборок, но ядро стандартизировано, что позволило контейнерам стать переносимыми.
snap и flatpak собственно тоже используют механизмы изоляции.
Это я считаю определенный прорыв, достигнутый в сообществе Линукса благодаря открытости и стандартизации.