Дерево даёт упорядоченность. Это и плюс (если она нужна) и минус (элементам нужен компаратор). Обе структуры нужны.

Вот вопрос — зачем нужен связный список, если есть массив, интересней. Теоретически на очень больших размерах связный список выиграет на O(1) операциях, но практически я до таких размеров не доходил. Массив практически всегда лучше.